Từ năm 2003 đến hết tháng 3/2013, trên tổng số các văn bản đã tiếp nhận, các Bộ, ngành (bao gồm cả Bộ Tư pháp) và địa phương đã kiểm tra được 2.353.490 văn bản; trong đó, các Bộ, ngành kiểm tra được 43.262 văn bản (văn bản QPPL là 41.240 văn bản, chiếm 95% tổng số văn bản các Bộ, ngành đã kiểm tra), các địa phương kiểm tra được 2.310.228 văn bản (văn bản QPPL là 232.709 văn bản, chiếm 10% tổng số văn bản các địa phương đã kiểm tra).

Qua công tác kiểm tra văn bản theo thẩm quyền, toàn Ngành đã phát hiện được 63.277 văn bản có dấu hiệu vi phạm các điều kiện về tính hợp pháp của văn bản quy định tại Điều 3 Nghị định số 40, bao gồm 39.437 văn bản QPPL (chiếm 62,3% số văn bản có dấu hiệu vi phạm các điều kiện về tính hợp pháp của văn bản), còn lại là các văn bản không phải là văn bản QPPL nhưng có chứa QPPL. Trong đó có 8.220 văn bản QPPL có dấu hiệu vi phạm tính hợp pháp về nội dung của văn bản (chiếm 20,8% tổng số văn bản QPPL đã phát hiện có dấu hiệu vi phạm các điều kiện về tính hợp pháp của văn bản quy định tại Điều 3 Nghị định số 40), còn lại là các văn bản QPPL có dấu hiệu vi phạm về căn cứ pháp lý; thẩm quyền ban hành; trình tự, thủ tục ban hành; thể thức và kỹ thuật trình bày văn bản.

Trên cơ sở các văn bản đã phát hiện có dấu hiệu vi phạm các điều kiện về tính hợp pháp của văn bản (63.277 văn bản), cơ quan kiểm tra văn bản đã tiến hành phân loại và tùy vào mức độ vi phạm của văn bản mà tiến hành xử lý văn bản đó theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý văn bản theo quy định. Đối với những văn bản chỉ có dấu hiệu vi phạm về kỹ thuật trình bày, cơ quan kiểm tra văn bản chỉ trao đổi với các cơ quan ban hành văn bản xem xét, rút kinh nghiệm; đối với những văn bản có dấu hiệu vi phạm về căn cứ pháp lý, thẩm quyền, nội dung, cơ quan kiểm tra văn bản đã tổ chức họp, thảo luận, trao đổi trực tiếp với cơ quan đã ban hành văn bản và các cơ quan có liên quan để thống nhất về nội dung có dấu hiệu vi phạm tính hợp pháp của văn bản và biện pháp xử lý. Theo đó, trong 10 năm qua, các Bộ, ngành và địa phương đã xử lý được 62.236 văn bản, chiếm gần 98% tổng số văn bản có dấu hiệu vi phạm đã được phát hiện trái pháp luật (trong đó có 16.237 văn bản sai về thể thức, kỹ thuật trình bày văn bản đã được cơ quan ban hành văn bản xem xét, rút kinh nghiệm); Còn 1.041 văn bản trái pháp luật đã được đưa vào kế hoạch để xử lý và hiện đang được cơ quan ban hành văn bản nghiên cứu để xử lý theo quy định.

Gần đây, Cục đã phản biện, phản ứng về một số chính sách quan trọng liên quan đến quyền, lợi ích của công dân như: Quy định về ghi họ và tên cha, họ và tên mẹ trong Chứng minh nhân dân; Xử phạt xe không chính chủ; Quy định về số vòng hoa, không rắc vàng mã, không lắp ô cửa kính trên nắp quan tài... Hay như quy định quay phim chụp ảnh cảnh sát giao thông làm việc phải xin phép", gây tranh cãi của Cục Cảnh sát Giao thông được Cục Kiểm tra Văn bản chỉ ra những sai trái, hơn một ngày đã được hủy bỏ. Trước đó, Cục kiến nghị xử lý văn bản quy định về “ngực lép, chân ngắn” không được đi xe máy, vì văn bản này vi phạm thẩm quyền ban hành văn bản cũng như đưa ra quá nhiều tiêu chuẩn sức khỏe không phù hợp, làm hạn chế quyền của công dân được sử dụng phương tiện giao thông của người dân.